Skinney-Þinganes var stofnað árið 1999 með samruna þriggja fyrirtækja, Borgeyjar hf., Skinneyjar hf. og Þinganess ehf. Borgey var elst þessara fyrirtækja, stofnað af Kaupfélagi Austur-Skaftfellinga ásamt hópi einstaklinga árið 1946, en Skinney og Þinganes voru fjölskyldufyrirtæki með um það bil 30 ára sögu að baki. Skinney var stofnuð árið 1968 en Þinganes fjórum árum síðar. Bæði fyrirtækin gerðu út vertíðarbáta og frá árinu 1987 rak Skinney einnig allumfangsmikla saltfiskverkun, humarfrystingu, síldarsöltun, síldar- og loðnufrystingu og niðurlagningu á síld.